Gertrude, une jeune fille aveugle et orpheline de sa tante qui vient de mourir, est recueillie par un pasteur qui lui offre de vivre avec sa femme, Amélie, et ses enfants dans une petite chaumière des Jura suisses. Dans son journal, le pasteur raconte l'éducation protestante qu'il offre à Gertrude, dont il finit par tomber amoureux. Son fils Jacques tombe également amoureux de Gertrude. Lorsque le pasteur s'en rend compte, il lui ordonne de rabrouer ses sentiments.
Une opération donne la vue à Gertrude et, voyant le père et le fils, elle tombe amoureuse de Jacques plutôt que du pasteur, même si encore aveugle elle avait davantage de sentiments amoureux pour ce dernier. Jacques s'étant converti à la prêtrise pour respecter les vœux de son père, Gertrude ne peut plus l'épouser. La vue lui permet d'observer tout ce que le pasteur lui avait caché durant des années pour protéger le sentiment de bonheur qu'il avait tenté de susciter chez elle. Attristée par ses découvertes et après une tentative de suicide au cours de laquelle elle s'est presque noyée, Gertrude finit par mourir de folie quelques semaines après l'opération qui lui a permis de voir.
Les décisions et prises de position du pasteur sont conditionnées par son interprétation de la Bible et par l'enseignement qu'il en a reçu. Si sa morale protestante lui a jadis permis de goûter au bonheur, elle finit par le rendre malheureux en suscitant un immense sentiment de culpabilité à l'égard de ses sentiments envers Gertrude et de son fils Jacques
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